1958 yılında Kocaeli ili Yuvacık Kasabası'nda doğan Mehmet Bayraktutar, ilköğrenimini ve hafızlık kursunu da Yuvacık'ta tamamladı. Daha sonra İzmit İmam Hatip Lisesi bitiren Bayraktutar 1981 yılında İzmit Merkez Petrol Ofisi Camii İmam Hatibi olarak göreve başladı.
2002 yılında Anadolu Üniversitesi İktisat Fakültesi'nden mezun olan Bayraktutar 24 yıl din görevlisi olarak hizmet verdi.
1990 yılında Kocaeli Din Görevlileri Derneği Yönetim Kuruluna seçilen Bayraktutar 1999 yılında Kocaeli Din Görevlileri Derneği Başkanı seçildi. 2000 yılında Kocaeli Diyanet-Sen İl Temsilcisi olarak başladığı sendikacılık hayatına sırasıyla 2002 yılında Şube Başkanı, 27 Mart 2005 ve 3 Şubat 2008 yılında yapılan Diyanet-Sen Genel Merkez Olağan Genel Kurulunda Genel Sekreter seçildi. 25 Ocak 2010 tarihinde Diyanet-Sen Genel Başkanı Ahmet Yıldız'ın vefatı üzerine Diyanet-Sen Genel Başkanlığını yürüttü. 12 Şubat 2011'de yapılan Diyanet-Sen Olağan Genel Kurulu'nda Genel Başkan, 17 Nisan 2011'de yapılan Memur-Sen Konfederasyonu Olağan Genel Kurulu seçimlerinde de Genel Mali Sekreter seçildi. 28 Şubat 1 Mart 2015 tarihinde gerçekleştirilen Diyanet-Sen 5. Olağan Genel Kurul seçimlerinde güven tazeleyerek yeniden Diyanet-Sen Genel Başkanlığa seçildi ve halen bu görevini yürütmektedir.
Bayraktutar evli ve 3 çocuk babasıdır.
